На территориях городских парков и особо охраняемых природных территориях можно встретить краснокнижные растения.

Как сообщается на официальном сайте мэра Москвы, в парке «Фили» произрастает несколько их видов: горицвет кукушкин, хохлатка полая, хохлатка промежуточная, герань Роберта, медуница неясная, незабудка болотная, омфалодес ползучий, колокольчик персиколистный, страусник обыкновенный, многорядник Брауна, купена многоцветковая, дремлик широколистный.

Кроме того, здесь растет более 100 видов мхов, в том числе занесенные в Красную книгу Москвы. Из лишайников в парке «Фили» можно встретить рамалину мучнистую, которая растет только в экологически чистых местах.

В конце апреля - начале мая в парке расцветут тюльпаны, гиацинты и нарциссы, которые были высажены ранее.